Am 16. Juli 1633 starb Herzog Johann Casimir ohne Leibeserben. Seine Lande bekam sein Bruder Johann Ernst. Auch dieser starb am 23. Oktober 1638 kinderlos in seiner Residenz Eisenach. Mit ihm erlosch die Sachsen-Coburgische Seitenlinie. Coburg, Neustadt, Sonnefeld, Sonneberg, Hildburghausesn und Rodach fielen an Altenburg, wo sie bis 1672 verblieben.
Am 18. Februar wurde Herzog Johann Casimirm, dessen Leiche wegen der Kriegszeiten acht Monate in der Ehrenburg geblieben war, in der St. Moriz Kirche beigesetzt.